Công đoàn cơ sở Trường Đại học Y Dược Cần Thơ là đơn vị trực thuộc Khối thi đua số 6 – Công đoàn Y tế Việt Nam.

Ban Chấp hành Công đoàn cơ sở gồm 13 đồng chí, trong đó có 01 đồng chí Chủ tịch, 01 đồng chí Phó chủ tịch và 01 đồng chí Uỷ viên thường vụ.

Hiện tại, cơ cấu tổ chức của Công đoàn Trường gồm 17 đơn vị trực thuộc, trong đó có 07 Công đoàn Bộ phận và 10 Tổ Công đoàn trực thuộc.

Tổng số công đoàn viên cập nhật đến ngày 15/01/2024 là 777, trong đó có 392 công đoàn viên nữ.